Sorana D. BOLBOACĂ

STRUCTURA BIOLOGICĂ. §2.4. UTILIZAREA PROGRAMELOR

DEDICATE:IDENTIFICAREA PATTERN-URILOR

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

2 2 Despre …

IDENTIFICAREA PATTERN-URILOR: UTILIZAREA PROGRAMULUI CLC

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

3 PROBLEMA: AMINOACIZI

Zea mays (Maize) Proteină

necaracterizată

Dimensiune: 437 aa Nivel: transcriere Denumire:

B4FBP1_MAIZE

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

4 IDENTIFICAREA ŞI SALVAREA SECVENŢEI

http://www.uniprot.org/uniprot/B4FBP1.fasta

http://www.uniprot.org/uniprot/B4FBP1.fasta

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

5 IMPORTUL FIŞIERULUI FASTA ÎN CLC

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

6 IMPORTUL FIŞIERULUI FASTA ÎN CLC

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

7 STATISTICA SECVENŢEI

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

8 STATISTICA SECVENŢEI

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

9 STATISTICA SECVENŢEI

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

10STATISTICA SECVENŢEI

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

11STATISTICA SECVENŢEI

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

12STATISTICA SECVENŢEI

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

13STATISTICA SECVENŢEI

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

14STATISTICA SECVENŢEI

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

15STATISTICA SECVENŢEI

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

16IDENTIFICAREA PATTERN-URILOR ÎN CLC

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

17IDENTIFICAREA PATTERN-URILOR ÎN CLC

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

18IDENTIFICAREA PATTERN-URILOR ÎN CLC

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

19IDENTIFICAREA PATTERN-URILOR ÎN CLC

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

20IDENTIFICAREA PATTERN-URILOR ÎN CLC

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

21IDENTIFICAREA PATTERN-URILOR ÎN CLC

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

22IDENTIFICAREA PATTERN-URILOR ÎN CLC

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

23IDENTIFICAREA PATTERN-URILOR ÎN CLC

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

24CLC REZULTATE

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

25CLC REZULTATE: COMPELXITY PLOT

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

26CLC REZULTATE: PROTEINE CHARGE PLOT

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

27CLC REZULTATE: ANTIGENICITY PLOT

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

28CLC REZULTATE: HYDROPHOBICITY PLOT

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

29PROBLEMA: NUCLEOTIDE

Blackberry chlorotic ringspot virus Acronim: BCRV

ARN 1 mRNA 3478 bp

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

30IDENTIFICAREA SECVENŢEI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/71836079

Jones AT, McGavinWJ, GeppV, Zimmerman MT, Scott SW. Purification and properties of blackberry chlorotic ringspot, a new virus species in subgroup 1 of the genus Ilarvirus found naturally infecting blackberry in the UK. Ann Appl Biol 2006;149(2):125-35.

Identificăm secvenţa fasta

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/71836079

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

31SALVAREA ÎN FORMAT FASTA

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

32SALVAREA ÎN FORMAT FASTA

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

33IMPORTUL FIŞIERULUI FASTA ÎN CLC

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

34CLC: ANALIZA SECVENŢEI

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

35CLC: ANALIZA SECVENŢEI

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

36CLC: ANALIZA SECVENŢEI

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

37CLC: ANALIZA SECVENŢEI

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

38IDENTIFICAREA PATTERN-URILOR ÎN CLC

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

39IDENTIFICAREA PATTERN-URILOR ÎN CLC

Pentru a identifica secvenţe de 2 nucleotide

min = 1 şi max = 2

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

40CLC REZULTATE: PATTERN 2 NUCLEOTIDE

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

41CLC REZULTATE: PATTERN 2 NUCLEOTIDE

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

42CLC REZULTATE: PATTERN 2 NUCLEOTIDE

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

43CLC REZULTATE: PATTERN 6 NUCLEOTIDE

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

44CLC REZULTATE: PATTERN 6 NUCLEOTIDE

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

45CLC REZULTATE: GRAPHICS Aria vizibilă sau întreaga secvenţă

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

46CLC REZULTATE: DACĂ ŞTIM CE CĂUTĂM

Căutăm secvenţa: ATGATGTT (7 nucleotide)

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

47CLC REZULTATE: DACĂ ŞTIM CE CĂUTĂM

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/71836079?report=fasta

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/71836079?report=fasta

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

48CLC REZULTATE: DACĂ ŞTIM CE CĂUTĂM

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

49CLC REZULTATE: SECVENŢE MOTIFS

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

50CLC REZULTATE: SECVENŢE MOTIFS

Cerinţe:

Utilizatorul are cunoştinţe despre secvenţa

motif pe care doreşte să o identifice

Secvenţa este definită de utilizator – algoritmul caută secvenţa prin identificarea pattern-urilor identice sau degenerate

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

51CLC REZULTATE: SECVENŢE MOTIFS

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE – CURS 6

52CLC REZULTATE: CREATE DOT PLOT