1

1. BAZE DE DATE – BD integrată NCBI (I). Utilizarea motorului

de căutare GQUERY şi modulul PUBMED

1.1. Obiectivele lucrării de laborator sunt:

- căutări în bazele de date după cuvinte-cheie

- deprinderea creării interogărilor

- căutări de articole medicale în bazele de date după autor

- căutări de articole medicale în bazele de date după autor şi cuvinte-cheie.

1.2. Prezentare generală

“Entrez” permite reconstituirea datelor din biologia moleculară şi vizualizarea citărilor

bibliografice din bazele de date integrate ale NCBI (National Center for Biotechnology

Information).

Acest motor de căutare se accesează la adresa: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery

Printre modulele incluse în baza de date integrată NCBI se găsesc:

PubMed cuprinde citări şi articole biomedicale din BD Medline

BD de secvenţe nucleotide (GenBank)

BD de secvenţe proteice

Structuri macromoleculare 3D.

Figura 1.2.a. Legăturile intra şi inter baze de date

2

1.3. Utilizarea Gquery

Figura 1.3.a. Interfaţa motorului de căutare

Ne propunem să utilizăm motorul de căutare Gquery folosind următoarele exemple de

căutări: Pentru aceasta va trebui ca din motorul de cautare sa selectam Protein (baza de date despre

proteine)

camp activated protein kinase

“camp activated protein kinase”

“camp activated” “protein kinase”

o “camp dependent protein kinase”

o immunoglob*.

Figura 1.3.b. Selectarea bazei de date corespunzatoare din Gquery.

3

Figura 1.3.c. Exemplu de interogare a bazei de date după cuvinte-cheie

În acest scop urmăm paşii:

- se alege baza de date

- se introduce interogarea în fereastra “Details”.

Intraţi pe fiecare opţiune din fereastra („Top Organism”, “Search Details” şi “Advanced=>

History”) şi observaţi cum puteţi aplica diverse limitări ale vizualizării informaţiei rezultat, cum

puteţi opera cu interogările anterioare (figura 1.3.d.) şi care este expresia logică a interogării (figura

1.3.c).

Restul căutărilor le faceţi individual şi observaţi diferenţele ce survin în cadrul opţiunii

“Details”.

Figura 1.3.d. Prezentarea interogărilor anterioare

4

1.3.1. Calificatorii câmpului Gquery

Formatul general al calificatorilor “Entrez” sunt prezentaţi sub forma:

term [qualifier]

unde:

o term este şirul căutat

o qualifier specifică câmpul de căutat în BD specifică şi poate fi:

ACCN număr de acces

DATE anul publicaţiei

JOUR numele jurnalului

MAJR topica MeSH

PAGE prima pagină

PROP proprietăţi

PTYP tipul publicaţiei

TITL cuvânt de titlu

SLEN lungimea secvenţei

WORD cuvânt text

AUTH numele autorului

GENE numele genei

KYWD cuvânt cheie

MDAT data modificării

ORGN organismul

PDAT data publicării/creării

PROT numele proteinei

SQID id-ul secvenţei

SUBS substanţa

VOL volumul

1.3.2. Exemple

a. Căutaţi articole după Bourne PE ca autor.

Figura 1.3.2.a. Exemplu de căutare după Bourne PE [AUTH]

5

Dacă se doreşte o căutare avansată, formatul interogărilor booleene este:

term [field] operator term [field]

Operatorii pot fi :

o AND (intersecţie)

o OR (reuniune)

o BUTNOT (diferenţă)

b. Căutaţi articole ale autorului Taylor P care conţin informaţii despre “protein kinase”

(figurile 1.3.2.b şi 1.3.2.c).

Figura 1.3.2.b. Exemplu de căutare după Taylor P [AUTH] AND “protein kinase”

Figura 1.3.2.c. Exemplu de căutare cu ajutorul PubMed după Taylor P [AUTH] AND “protein

kinase”

6

Notă:

Observaţi deosebirile între cele două motoare de căutare!

Reţineţi că putem utiliza următoarele legături:

o PubMed Neighbors

o Text & MeSH

o Protein and Nucleotide Neighbors

o BLAST

o Macromolecular Structure Neighbors

o VAST

pe care le vom exemplifica în lucrarea de laborator următoare.

1.4. Utilizarea PubMed

Pentru a efectua căutări cu ajutorul secţiunii “PubMed” alegem opţiunea “PubMed:

biomedical literature citations and abstracts” (figura 1.4.a)

Figura 1.4.a. Opţiunea PubMed de căutare

Prin căutarea cu PubMed putem să:

identificăm conceptele cheie din căutarea noastră

introducem termenii în căsuţa de search

primim sugestii automate pe măsura completării termenilor în căsuţa de căutare

1.4.1. Exemple

a) Dacă dorim să aflăm ce rol are durerea în tulburările de somn introducem în căsuţa de

căutare cele două concepte-cheie: pain şi sleeping disorders

b) Dacă dorim să căutăm după autor, introducem numele de familie al autorului plus iniţialele,

fără punctuaţie, în căsuţă şi apăsăm butonul search (Ex. Watson JD, Lederberg J).

c) Apăsăm Advanced search pentru a căuta după Autor, Jurnal, Data Publicării .

Pentru a căuta articole citate scrise de Bonnie W. Ramsey despre terapia genetică în fibroza

7

chistică (cystic fibrosis), introducem următorii termeni de căutare în căsuţă: cystic fibrosis gene

therapy ramsey bw

d) Publicaţii cu numele complet al autorilor pot fi căutate numai din 2002 (Ex. Joshua

Lederberg, Garcia Algar, Oscar).

e) Dacă ştim numai numele de familie al autorului vom introduce în căsuţa de căutare după

autor urmatoarele: numeautor[au].

f) Pentru a căuta citate despre drosophila (musculiţa de oţet ) în jurnalul “Molecular Biology

of the Cell” introducem următoarele în căsuţa de căutare: molecular biology of the cell

drosophila.

g) Dacă căutăm studii sistematice despre terapia inhalatorie în pneumonie, din pagina

“Clinical queries” apăsăm Systematic Reviews şi introducem următorii termeni în căsuţa de căutare:

inhalation therapy pneumonia (figura 1.4.1.a)

Figura 1.4.1.a. Exemplu de interogare clinică prin intermediul PubMed

h) Pentru a găsi informaţii despre anemia falciforma (siclemia) din “Clinical Queries” apăsăm

Medical Genetic Search, apoi facem click pe All check box pentru a deselecta toate categoriile şi

Genetic Counseling, după care introducem următorii termeni în căsuţa de căutare: sickle cell

anemia.

1.5. Exerciţii propuse

o Lucraţi cu tutorialul Entrez de la adresa:

8

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Database/tut1.html

o Găsiţi referinţe despre paralizia facială. Vizualizaţi înregistrările în formatul: rezumat şi

autor.

o Găsiţi secvenţa acidului nucleic murinic implicat în apoptoză şi cancer. Descrieţi toate

înregistrările pe o pagină web.

o Găsiţi secvenţa proteică cauzatoare de SIDA apărută în revista Nature. Salvaţi strategia de

căutare pentru o căutare ulterioară.

o Gasiti articolul care sa contina cuvantul „P453” .

o Gasiti articolele scrise de Mihalas GI publicate in anul 1970.

o Gasiti cel mai recent articol care contine substanta „magnesium orotate”.

o Gasiti articolul care sa contina cuvantul-cheie albumin despre organismul „homo sapiens” .

Raspunsuri

Gasiti articolul care sa contina cunvatul „P453

R: P453 [word]]

Gasiti articolele scrise de Mihalas GI publicate in anul 1970.

R: mihalas gi [auth] AND 1970 [PDAT]

o Gasiti cel mai recent articol care contine substanta „magnesium orotate”.

R: magnesium orotate [subs]

o Gasiti articolul care sa contina cuvantul-cheie albumin despre organismul „homo sapiens” .

ALBUMIN [KEYWORD] iar apoi se selecteaza din stanga species=> human.